Việc thanh toán, quyết toán và điều chỉnh giá hợp đồng xây dựng thực hiện theo nội dung hợp đồng đã ký kết giữa các bên và phù hợp với quy định của pháp luật tương ứng với từng thời kỳ; việc quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

Tại khoản 1, Điều 14, Nghị định số 48/2010/NĐ-CP ngày 07/5/2010 của Chính phủ về hợp đồng trong hoạt động xây dựng đã quy định: “Thời gian thực hiện hợp đồng được tính từ ngày hợp đồng có hiệu lực cho đến khi các bên hoàn thành các nghĩa vụ theo hợp đồng và phải phù hợp với tiến độ thực hiện của dự án.” Như vậy, đối với hợp đồng thi công xây dựng công trình, thì thời gian thực hiện hợp đồng phải tính cả thời gian để nhà thầu hoàn thành các nghĩa vụ bảo hành công trình theo quy định của hợp đồng. Do đó, việc chủ đầu tư phê duyệt dự toán xây dựng bổ sung cho những công tác được thực hiện đúng với tiến độ của hợp đồng, nhưng thời điểm phê duyệt sau thời gian nghiệm thu công trình hoàn thành bàn giao đưa vào sử dụng để điều chỉnh giá hợp đồng xây dựng là chấp nhận được.